Shiro Emiya perdió a su familia hace diez años en un enorme incendio que consumió gran parte de la ciudad de Shinto. Atrapado entre las llamas, se da por vencido y acepta su propia muerte, pero un enigmático hombre lo encuentra y lo ayuda. Este hombre, Kiritsugu Emiya, adopta a Shiro, y le revela su identidad como mago. Kiritsugu también le cuenta a Shiro su fallido intento en ser un"Héroe de la Justicia", un guardián de la humanidad que podría salvar cualquier vida. Por petición de Shiro, Kiritsugu intenta enseñarle magia, pero descubre que Shir? no tiene talento ni para la mayoría de hechizos fundamentales, por eso, después de la muerte de Kiritsugu, Shiro se encuentra terriblemente frustrado, sintiéndose incapaz de cumplir los designios de su padre con la justicia.
Lo que Shiro desconoce, es que la Ciudad Fuyuki se ha vuelto el escenario de una secreta y violenta guerra de magos. Desde hace ya dos siglos que se escogen a siete hechiceros para que entablen una lucha a muerte, en busca de obtener el Santo Grial, un cáliz legendario que concede cualquier deseo. Las últimas cuatro Guerras del Santo Grial han ocurrido cada sesenta años, la última acabó hacía apenas una década, pero la quinta comienza prematuramente. Cada hechicero (o “Master”/"Maestro",') puede invocar a un espíritu legendario de nombre “Servant”/"Sirviente", que le ayudará en su batalla.