En el año 2029, los avances en la cibernética permiten a las personas para sustituir a casi todas sus partes y órganos del cuerpo con la robótica. A través de estas prótesis, los débiles se hacen fuertes, y los moribundos se les da nueva vida. Seguridad Pública Sección 9 de la Ciudad de Niihama (un escenario ficticio inspirado en Hong Kong,'), un equipo diverso de AI, cyborgs y los seres humanos no modificados, debe investigar los casos de corrupción y el terrorismo. Mayor Motoko Kusanagi tiene prótesis de cuerpo completo, debido a un accidente en su niñez. Ella, su segundo al mando Batou y especialista en información de Ishikawa se les ha asignado una tarea importante: para investigar un hacker conocido como "El Titiritero". Pero a medida que Motoko y su equipo descubren, las cosas no son tan simples.
Ghost in the Shell es un thriller futurista con escenas de acción intensa mezcladas con secuencias artísticas más lentas y muchas preguntas filosóficas sobre el alma de uno, el género y la identidad humana en una edad tan avanzada de la tecnología.